【基于R语言群体遗传学】-11-二倍体适应性进化

之前的博客，我们讨论了正选择在单倍体中的情况，可以先学习之前的博客：

群体遗传学_tRNA做科研的博客-CSDN博客

分子适应的经典观点是正选择。对于一个新的突变在进化意义上起作用，它必须在罕见时通过选择增加。之前例子中有选择系数s是负数，所以该等位基因有相对适应性损失，并且通常很快从种群中移除。这种类型的选择被称为负选择，虽然它乍看起来可能微不足道（迅速丢失的罕见突变对种群的一般或长期影响很小），但它是选择的一个非常重要的类别。

现在，让我们解决二倍体选择的问题。我们之前所有的选择示例都是基因选择：选择仅作用于单个等位基因。但是，由于二倍体有两个等位基因，它可以产生三种可能的基因型（AA、Aa、aa），每种基因型根据它们自己的选择系数可能有适应性优势或劣势：

sAA、sAa和saa

我们使用w = 1 + s来表示这三种基因型的相对适应性：

wAA、wAa和waa

因为我们处理的是基因型，我们可以通过将预期的基因型频率（根据哈代-温伯格方程）乘以它们的适应性来预测下一代中仅A等位基因的频率（p(t+1)）。我们必须记住，杂合子只对我们感兴趣的等位基因贡献一半的频率，因此我们需要将预期的杂合子频率2p(1−p)除以2以得到p(1−p)。

现在我们可以引入优势的复杂性。我们在之前讨论血型时简要提到了这个概念；具体来说，当A和B等位基因与i等位基因在杂合子中配对时，它们仍然分别赋予A型和B型血。所以我们可以说A和B等位基因对i等位基因是显性的，而i等位基因对A和B等位基因都是隐性的。就像表型一样，我们可以认为适应性效应是彼此显性和隐性的。

假设A等位基因有一个10%的适应性优势。我们的纯合子适应性值相当简单：

wAA = 1.1和waa = 1

如果A等位基因的适应性优势是显性的，我们的杂合子适应性将与AA纯合子相同：

wAa = wAA = 1.1

如果是隐性的，则与aa纯合子相同：

wAa = waa = 1

然而，显性/隐性关系并不一定如此明确。你可能会观察到一种称为不完全显性的现象，其中杂合子的适应性介于两个纯合子之间。 在不完全显性的情况下，杂合子适应性是两个纯合子基因型适应性的确切平均值，我们将使用半显性（semidominance）这个词。这些显性程度预测了不同的进化轨迹。我们将使用相同的代码为所有三种适应性场景（隐性、显性和半显性）生成等位基因频率预测：

# 设置初始等位基因频率为 0.05
init_p